陈吉发对洪承畴与皇帝的密谋毫无不在意，因为他很快就不需要朝廷了。
这段时间，他一直在整顿京城内的治理架构，强化了各种基层组织，包括社区保甲、商业行会、帮派社团等等，并将其并入合作社执委会各项职能，为的，就是接下来要做的一件大事。
成立近代性质的文官政府。
皇权时代，朝廷的架构总体来讲就是以“家”为蓝本，围绕皇帝及其家人运转的一套“管家”体系。这套体系对于日益发达的社会生产力而言，束缚严重，已经远远不能满足明末经济社会发展需要。
新的文官政府，将强化对社会活动的管理职能，强化对社会问题的掌控能力。
为了同旧体系完全分开，陈吉发打算采取近代“特区”体系。
先在重要城市郊区开办工商业园区、科技园区或者商贸物流园区，吸收原有政治经济中心的人才、技术、资源，形成新的经济政治文化中心，逐渐取代原有的体系，从而避免血腥革命和文明倒退，即所谓的“增量改革”。
从江夏合作社派来大量的骨干如今已经在通州汇合，这里将采取近代化的城市建设和管理方式兴建北平新城。
此外，为了加快与旧体系的接轨，从原来的六部、宫廷裁汰人员中挑选精干力量，充当新旧体系的纽带。
除北京之外，陈吉发在已经上表投靠的几个省份，均设置了类似的“特区”，这些特区采取金口镇的管理模式，设置合作社常委会、执委会，拥有完整的立法、行政、司法权，履行鼓励工商，兴办科教，保障民生等方面的职责，并按照一成五的比例完成税赋。
除此外，为服务新的文官政府执政，《大明律》的修订编制工作必须要立刻开始。
陈吉发打算采取“一国两制”的办法，在皇权管辖范围内，还是按照原有法律体系，而在特区则实施新的法律体系。
为了避免被人攻讦，新的法律体系作为《大明律》修订案出台，具体编纂工作交由合作社调查统计局主持完成。
将事情安排妥当已经是七月中旬。
这个时候，许多陈吉发认为能担大任的官员，比如说范景文、史可法、邓来鸾、文安之、阎应元等等，都奉诏入京，被举荐到六部或者地方担任要职。
而那些历史上有名的软脚虾、反骨仔，也都搜罗证据判处抄家流放，整个京城政治生态得到肃清。
做完这些，陈吉发也打算逐步削减京城驻军，放开戒严，恢复正常秩序。
近卫军不可能一直驻扎在京城，合作社也不可能当明王朝的保姆。
发展自身永远是硬道理，在处理完朝廷中的蛀虫后，他便打算回江夏专心做好长江沿线的合作社事业，完成几座重要城市的工业化改造。
在走之前，陈吉发再次入宫，想要带走太子和长平公主。
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